Ciò che esce dagli scarichi di un'isola finisce nel mare, che è insieme la risorsa più preziosa e il destinatario dei reflui depurati. La qualità del mare dipende quindi da come si raccolgono e si trattano le acque. La depurazione è anche un servizio di base che le comunità si aspettano di avere tutto l'anno, compresi i mesi estivi, quando gli abitanti si moltiplicano.

Le difficoltà non mancano. La rete fognaria raggiunge in media poco più di tre quarti della popolazione, con situazioni molto diverse da un'isola all'altra, e la capacità degli impianti resta inferiore al fabbisogno. Esistono però esperienze che indicano una strada diversa. A Gorgona l'impianto di fitodepurazione è attivo da ventiquattro anni, tra i primi in Italia. Il nuovo impianto, alimentato da fotovoltaico ed eolico, punta a riutilizzare l'acqua e a recuperare nutrienti per l'irrigazione, in linea con il progetto europeo Hydrousa che trasforma i reflui in risorsa. Anche le Eolie guardano avanti, con fondi regionali per attivare impianti di dissalazione e depurazione a Vulcano e Lipari.

Monitorare la depurazione serve a capire dove i servizi sono completi e dove no, e a rendere visibile ciò che di solito non si vede. Un impianto che funziona non fa notizia, uno che manca si misura solo nello stato del mare. Servono dati regolari e confrontabili, che permettano di distinguere un ritardo strutturale da un miglioramento in corso.